菌株丰度解析
工具说明
菌株丰度解析工具用于分析微生物群落中各菌株的相对丰度和分布情况，支持宏基因组和16S rRNA测序数据。 该工具可以识别样本中存在的微生物种类，计算它们的相对丰度，并进行多样性分析。您可以比较不同样本之间的微生物组成差异， 识别关键微生物类群，并生成丰度热图和多样性指数图等可视化结果。
支持的数据格式
- FASTQ文件（原始测序数据）
- FASTA文件（16S rRNA序列）
- OTU/ASV表（制表符分隔文件）
- 宏基因组丰度表（CSV或TSV格式）
数据上传与参数设置
分析结果
上传数据并运行分析后，结果将显示在这里
分析完成!
您的微生物组数据已成功分析。共检测到20个菌株，分属于5个门(Phylum)。
样本信息
| 数据类型 | 已处理的丰度表 |
|---|---|
| 样本数量 | 5 |
| 实验分组 | Healthy (3), IBD (2) |
| 菌株数量 | 20 |
| 门(Phylum)数量 | 5 |
| 分析级别 | 种 (Species) |
| 处理时间 | 5.2 秒 |
主要菌种组成
物种丰度表 (Top 10)
| 物种 | 门(Phylum) | Sample1 | Sample2 | Sample3 | Sample4 | Sample5 | 平均丰度 (%) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Bacteroides fragilis | Bacteroidetes | 24.35% | 18.92% | 22.47% | 19.84% | 21.58% | 21.43% |
| Faecalibacterium prausnitzii | Firmicutes | 15.73% | 12.85% | 14.21% | 13.56% | 14.92% | 14.25% |
| Escherichia coli | Proteobacteria | 9.47% | 11.23% | 8.96% | 10.52% | 9.78% | 9.99% |
| Bifidobacterium longum | Actinobacteria | 7.82% | 8.45% | 7.35% | 8.12% | 7.64% | 7.88% |
| Prevotella copri | Bacteroidetes | 6.53% | 7.18% | 6.92% | 7.45% | 6.87% | 6.99% |
| Ruminococcus bromii | Firmicutes | 4.28% | 5.36% | 4.83% | 5.12% | 4.75% | 4.87% |
| Akkermansia muciniphila | Verrucomicrobia | 3.75% | 4.21% | 3.92% | 4.05% | 3.84% | 3.95% |
| Roseburia intestinalis | Firmicutes | 3.12% | 3.58% | 3.26% | 3.43% | 3.31% | 3.34% |
| Eubacterium rectale | Firmicutes | 2.86% | 2.63% | 2.95% | 2.74% | 2.91% | 2.82% |
| Lactobacillus acidophilus | Firmicutes | 2.34% | 2.17% | 2.41% | 2.28% | 2.36% | 2.31% |
微生物组成分布
丰度热图
物种相对丰度
| 物种 | 门(Phylum) | 科(Family) | 属(Genus) | 平均丰度 (%) | 最大丰度 (%) | 最小丰度 (%) |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Bacteroides fragilis | Bacteroidetes | Bacteroidaceae | Bacteroides | 21.43 | 24.35 | 18.92 |
| Faecalibacterium prausnitzii | Firmicutes | Ruminococcaceae | Faecalibacterium | 14.25 | 15.73 | 12.85 |
| Escherichia coli | Proteobacteria | Enterobacteriaceae | Escherichia | 9.99 | 11.23 | 8.96 |
| Bifidobacterium longum | Actinobacteria | Bifidobacteriaceae | Bifidobacterium | 7.88 | 8.45 | 7.35 |
| Prevotella copri | Bacteroidetes | Prevotellaceae | Prevotella | 6.99 | 7.45 | 6.53 |
| Ruminococcus bromii | Firmicutes | Ruminococcaceae | Ruminococcus | 4.87 | 5.36 | 4.28 |
| Akkermansia muciniphila | Verrucomicrobia | Akkermansiaceae | Akkermansia | 3.95 | 4.21 | 3.75 |
| Roseburia intestinalis | Firmicutes | Lachnospiraceae | Roseburia | 3.34 | 3.58 | 3.12 |
Alpha多样性指数
主坐标分析 (PCoA)
Alpha多样性统计
| 样本 | 组别 | Shannon指数 | Simpson指数 | Chao1丰富度 | 观测到的OTU数 |
|---|---|---|---|---|---|
| Sample1 | Healthy | 3.45 | 0.92 | 145 | 138 |
| Sample2 | IBD | 3.62 | 0.94 | 157 | 149 |
| Sample3 | Healthy | 3.51 | 0.93 | 149 | 142 |
| Sample4 | IBD | 3.58 | 0.93 | 152 | 145 |
| Sample5 | Healthy | 3.49 | 0.92 | 147 | 140 |
组间丰度比较
差异物种分析
| 物种 | Healthy组平均丰度 (%) | IBD组平均丰度 (%) | Log2倍数变化 | P值 | 校正P值 | 显著性 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Bacteroides fragilis | 22.80 | 19.38 | -0.23 | 0.032 | 0.048 | * |
| Faecalibacterium prausnitzii | 14.95 | 13.21 | -0.18 | 0.045 | 0.068 | |
| Escherichia coli | 9.40 | 10.88 | 0.21 | 0.024 | 0.036 | * |
| Prevotella copri | 6.77 | 7.32 | 0.11 | 0.145 | 0.218 | |
| Ruminococcus bromii | 4.62 | 5.24 | 0.18 | 0.087 | 0.131 | |
| Akkermansia muciniphila | 3.84 | 4.13 | 0.11 | 0.215 | 0.323 | |
| Bacteroides vulgatus | 2.14 | 3.01 | 0.49 | 0.008 | 0.012 | * |
| Clostridium butyricum | 1.92 | 2.43 | 0.34 | 0.021 | 0.032 | * |
* 表示在校正后的P值 < 0.05，具有统计学显著性